Di Desa Keper terdapat beberapa Lembaga Desa, yang secara garis besar dibedakan menjadi 2 (dua) jenis Kelembagaan yaitu :
- Lembaga Pemerintahan Desa
- Lembaga Kemasyarakatan di Desa
1. Lembaga Pemerintahan Desa terdiri dari:
v Pemerintah Desa,
v Badan Permusyawaratan Desa (BPD).
Pemerintah Desa terdiri dari:
- Kepala Desa
- Perangkat Desa,
- Perangkat Desa terdiri dari Sekretaris Desa dan Perangkat Desa lainnya;
- Perangkat Desa Lainnya terdiri dari:
- Kasi Pemerintahan
- Kasi Pembangunan
- Kasi Trantibmas
- Kasi Kemasyarakatan
- Kasi Pelayanan Umum
- Kasun Keper
- Kasun Bogem
- Staf Sekretariat Desa
2. Lembaga Kemasyarakatan Desa
- Lembaga Pemberdayaan Masyarakat Desa (LPMD);
- Rukun Warga (RW);
- Rukun Tetangga (RT);
- Tim Penggerak PKK.
v Organisasi Kemasyarakatan :
- Karang Taruna;
- Remaja Masjid;